В конце XIX столетия в Кубанской области обострилось положение с болезнями животных. Кубани, одному из главных аграрных регионов дореволюционной России, была жизненно необходима собственная ветеринарная служба.
Новый век требовал перемен в развитии ветеринарии.
06 октября 1900 года, постановлением военного совета при Собрании узаконений и распоряжений правительства в городе Екатеринодаре была учреждена станция для предохранительных сибиреязвенных прививок и бактериологических исследований и организована Кубано-Черноморская областная ветеринарно-бактериологическая лаборатория и задачи перед коллективом были поставлены наиважнейшие.
Здесь не только велись серьезные научные диагностические и противоэпизоотические работы, но и изготавливались самые актуальные сыворотки для прививок домашним животным. Сотрудники лаборатории также занимались просветительской деятельностью — обучали ветврачей грамотной диагностике и методам борьбы с инфекционными заболеваниями.
В 1922 году к Кубано-Черноморской областной ветеринарно-бактериологической лаборатории было присоединено отделение Кропоткинского института экспериментальной ветеринарии и организовано приготовление биопрепаратов: сыворотки против сибирской язвы, чумы и геморрагической септицемии свиней.
После освобождения Краснодарского края от фашистских захватчиков краевая ветеринарная лаборатория быстро продолжила прерванную оккупацией работу:
В 1975 году коллектив лаборатории переехал в новое трехэтажное кирпичное здание по адресу: улица имени Калинина, дом 15, в котором располагается и по сегодняшний день. А 30 декабря 2020 года был введён в эксплуатацию новый трёхэтажный корпус. Здесь было все необходимое для работы специалистов: удобные светлые лабораторные комнаты, передовое оборудование. Заметно вырос спектр услуг, оказываемый лабораторией.
В 2010 году в деятельности ФГБУ "Краснодарская МВЛ" появилось новое направление - фитосанитарное. В результате реорганизации Краснодарского Референтного центра Россельхознадзора в состав учреждения вошла производственная база, помещения, оборудование, а главное высококвалифицированные кадры, имеющие многолетний опыт работы в области карантина растений, семеноводства, агрохимии и плодородия почв.
В соответствии с приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 14.05.2024 № 252 проведена реорганизация ФГБУ «ВНИИЗЖ» в форме присоединения к нему ФГБУ «Краснодарская МВЛ». 27.08.2024 на базе ФГБУ «КМВЛ» образован Краснодарский филиал ФГБУ «ВНИЗЖ».
В результате присоединения появился новый импульс развития учреждения, расширились возможности и доступность услуг, изменилась работа всех подразделений, повысилась конкурентоспособность компании. Уникальность процесса реорганизации состоит в совершенствовании системы управления предприятием, изменение финансово-экономической политики, операционной деятельности, систем маркетинга, сбыта и управления персоналом.
